Новый метод секвенирования РНК отдельных клеток может стать универсальным инструментом

Новый протокол секвенирования РНК отдельных клеток (scRNA-seq), разработанный в Институте молекулярной и клинической офтальмологии Базеля (IOB), позволяет обнаруживать значительно большее количество генов на клетку, чем любой существующий метод. Он также быстрее, дешевле и чувствительнее. Метод опубликован в Nature Biotechnology.

scRNA-seq показывает, какие гены активны в клетке и каков уровень их транскрипции. Это позволяет глубоко оценивать биологию отдельных клеток и обнаруживать изменения, которые могут указывать на заболевание. Метод широко используется в различных областях, включая биологию развития, неврологию, онкологию, иммунологию, кардиологические исследования и инфекционные болезни. Он критически важен для изучения гетерогенности популяций, выявления редких субпопуляций и обнаружения уникальных характеристик отдельных клеток.

Протокол, разработанный в IOB совместно с учёными из Novartis Institutes for BioMedical Research, можно использовать для изучения любой модели заболевания, требующей анализа редких клеточных популяций с высоким разрешением.

Симона Пичелли, руководитель платформы IOB Single-Cell Genomics Platform и старший автор статьи, поясняет: «Наш модульный протокол FLASH-seq даёт снимок транскриптома клетки с беспрецедентным разрешением. Метод можно миниатюризировать, автоматизировать и адаптировать под разные нужды. Он помогает определить, какие изоформы генов присутствуют в здоровье и при болезни. Он также даёт гораздо более глубокую картину экспрессии генов, особенно после её нарушения из-за болезни, дефектов развития или внешних агентов. Более того, его легко внедрить в лаборатории, он на 50% быстрее и дешевле, чем аналогичные существующие протоколы, и позволяет изучать молекулярные механизмы заболеваний за пределами возможностей текущих инструментов секвенирования отдельных клеток».

Новый метод позволяет получить готовые для секвенирования библиотеки всего за полдня. Исследователи IOB считают, что FLASH-seq имеет потенциал стать инструментом выбора для эффективного, надёжного, модульного, доступного и удобного для автоматизации полногеномного scRNA-seq.