Онлайн-гид делает количественную биовизуализацию доступнее

Количественная биовизуализация — процесс получения количественных данных из изображений (иногда тысяч) с использованием вычислительных подходов, включая машинное обучение, — относительно новое направление в микроскопии. Из-за новизны и сложности биологам без вычислительного бэкграунда трудно внедрять её в свои эксперименты.

В сотрудничестве с организацией BioImaging North America Бет Чимини, заместитель директора по биоимиджинговому анализу в Imaging Platform Broad Institute of MIT and Harvard, создала онлайн-ресурс bioimagingguide.org. Цель — сделать инструменты, методы и принципы количественной биовизуализации доступнее для биологов без вычислительной подготовки.

Ключевые особенности гида

• Всеобъемлющий обзор: Гид даёт «общую картину» микроскопии, не будучи полноценным учебником. Он охватывает все необходимые темы для старта в биовизуализации и предоставляет ссылки на дополнительные ресурсы.
• Динамический формат: В отличие от статичной научной статьи, сайт можно обновлять, добавляя новые материалы по мере их появления.
• Целевая аудитория: Ресурс ориентирован на исследователей, которым нужно окрасить образец, получить несколько десятков флуоресцентных изображений и извлечь из них несколько измерений.
• Структура и доступность: Информация представлена так, чтобы можно было получить общее представление, а при необходимости углубиться в детали. Это помогает избежать перегрузки для новичков.
• Поиск и глоссарий: Почти весь контент на сайте доступен для поиска. Также есть глоссарий с терминами и определениями и множество ссылок на статьи и другие ресурсы.
• Многоязычная поддержка (в разработке): Ведутся работы по переводу всего контента на французский, испанский и португальский языки, а также по сотрудничеству для перевода на другие языки.

Мотивация и ожидания

Идея создания гида возникла из опыта общения с сотнями исследователей, которые часто сталкивались с необходимостью переделывать части проекта из-за ошибок, которых можно было избежать при наличии знаний.

Авторы надеются, что гид поможет учёным быстрее ориентироваться в циклическом процессе количественной биовизуализации (где часто приходится возвращаться к предыдущим этапам для корректировки методов) и эффективнее достигать своих научных целей.