Платформа данных Атласа клеток человека запускается при поддержке CZI
Инициатива Чан-Цукерберг (CZI) объявила о финансовой поддержке проекта «Атлас клеток человека», который использует технологии секвенирования для переопределения каждой клетки в организме. Финансирование и инженерная поддержка от CZI позволят Европейскому институту биоинформатики (EMBL-EBI), Институту Броуда и Институту геномики Калифорнийского университета в Санта-Круз (UCSC) создать открытую облачную платформу координации данных для проверки, обмена и анализа огромных объемов разнообразной генерируемой информации.
Новая анатомия
Молекулярная биология продвинулась так далеко и быстро за последние два десятилетия, что ученые считают, что пришло время переосмыслить человеческую анатомию, начиная с мельчайшей единицы: клетки. Атлас клеток человека, возглавляемый Институтом Броуда и Институтом Сэнгера Wellcome Trust, нацелен на создание новой, открытой и доступной карты здорового человеческого тела.
«Атлас будет включать десятки миллионов наборов данных», — говорит доктор Сара Тайхманн, руководитель отдела клеточной генетики в Институте Сэнгера Wellcome Trust и сопредседатель проекта. «Совместимость и прозрачность необходимы для координации такого масштаба».
Новый облачный конвейер позволит партнерам по Атласу загружать свои наборы данных, совместно анализировать их и содержательно сравнивать здоровые и больные ткани. Он сместит сотрудничество в науках о жизни в сторону облачных технологий, включая Open Stack, Google и Amazon Web Services.
Наука глобальна
Необработанные данные, произведенные исследователями Атласа, будут храниться и доступны в EMBL-EBI, передаваться партнерам платформы в США для облачного анализа и аннотации, а затем возвращаться в EMBL-EBI для хранения и публикации в открытых архивах, делая их доступными для всего мира.
«CZI не просто финансирует проект — они практический партнер. Поэтому мы знаем, что Атлас будет построен с лучшими инженерными решениями», — говорит Юэн Бирни, директор EMBL-EBI.
Взгляд в будущее
«Этот вклад для всех биомедицинских ученых мира, потому что Атлас клеток человека будет доступен каждому», — говорит доктор Авив Регев, профессор биологии в MIT и сопредседатель организационного комитета Атласа.
Создание платформы — это только начало колоссальной работы, которая займет много лет, в течение которых технологии неизбежно изменятся. Следующим шагом для Платформы координации данных станет планирование работы с новыми технологиями, такими как биоимиджинг, и обеспечение долгосрочной поддержки публичного ресурса.
Почему Атлас клеток человека важен?
«Представьте, что у вас, как и у меня, немного ослаблено зрение, и вы всю жизнь видите мир размыто. Затем однажды кто-то дает вам очки, и вы внезапно можете видеть мир во всей его детальной красоте. HCA — это как те очки. Он позволит ученым видеть биологию гораздо четче, с высоким разрешением. Пока мы не сможем видеть процессы, управляющие здоровьем и болезнью, с таким уровнем ясности, мы никогда не поймем их полностью. А нам нужно их понимать, чтобы разрабатывать эффективные лекарства». — Д-р Авив Регев.