Новый e-science сервис может ускорить исследования рака

Университет Манчестера и Европейский институт биоинформатики EMBL (EMBL-EBI) запустили крупный новый e-science ресурс для биологов, который может ускорить исследования методов лечения гриппа H1N1 и рака.

Biocatalogue.org — централизованный реестр курируемых веб-сервисов для наук о жизни — официально запущен 1 июля на конференции ISMB-ECCB 2009 в Стокгольме.

Такой систематизированный доступ может значительно ускорить работу исследователей в медицинской, агрономической и фармацевтической областях. Сервис позволяет исследователям находить, аннотировать, регистрировать и использовать биологические веб-сервисы.

В Biocatalogue.org уже зарегистрировано около 1000 биологических веб-сервисов, и их число будет ежедневно пополняться поставщиками, кураторами и пользователями.

Доступность и надежность сервисов контролируется автоматическими механизмами и сообществом пользователей. Простая система «светофора» отображает текущий статус веб-сервиса.

Кроме того, ресурс служит местом, где исследователи могут связаться и пообщаться с экспертами и разработчиками этих сервисов.

Веб-сервисы набирают популярность как способ упаковки существующих данных и вычислительных ресурсов в форму, пригодную для использования и комбинирования сторонними приложениями.

Сообщество наук о жизни было одним из первых, кто начал использовать веб-сервисы. Рабочая среда Taverna, популярная в этом сообществе и совместно разработанная учеными из Университета Манчестера, предоставляет доступ к более чем 3500 веб-сервисам, которые ученые могут комбинировать для построения и проведения своих in silico экспериментов.

Однако одной из основных проблем, препятствующих широкому внедрению и использованию веб-сервисов, является сложность поиска тех, которые выполняют нужный ученому анализ.

В Biocatalogue.org веб-сервисы аннотируются экспертами-кураторами, поставщиками услуг и широким сообществом с использованием тегов, рейтингов, комментариев и онтологий. Также используются автоматизированные инструменты для анализа и мониторинга.

Проект возглавляли профессор Кэрол Гобл из Университета Манчестера и Родриго Лопес из EMBL EBI. Финансирование осуществлялось Советом по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук (BBSRC).