Упрощённый скрининг отдельных видов бактерий в биологических образцах
Исследователи из Кильского университета разработали быстрый и надёжный метод скрининга для целенаправленного обнаружения и культивирования лактобацилл, бифидобактерий и Bacteroides в образцах стула. Результаты опубликованы в журнале Current Microbiology.
Проблема существующих методов
Анализ микробиома кишечника обычно проводят двумя методами: традиционным культивированием на чашках или дорогостоящим анализом ДНК. Оба метода неудовлетворительны для быстрого обнаружения конкретного вида бактерий в образце. Культуральные среды часто не являются исключительно селективными для одного вида и позволяют расти другим бактериям.
Принцип нового метода
Метод основан на трёх этапах:
- Культивирование на трёх разных селективных средах.
- ДНК-экстракция и ПЦР-анализ специфического гена.
- Секвенирование.
Тестирование провели на шести образцах стула здоровых людей. Культивирование проходило в анаэробной камере при 37 °C в течение 48 часов.
Результаты и эффективность
Из 180 исследованных колоний удалось идентифицировать бактериальные виды во всех. Большинство колоний содержали один вид, несмотря на то что среды допускали рост нескольких видов. Некоторые колонии содержали до трёх разных видов бактерий.
Ключевые преимущества метода:
- Менее затратный и более быстрый, чем альтернативные методы.
- Особенно подходит для скрининга видов, для которых нет исключительной питательной среды.
- Позволяет получить представление о чистоте колоний и точно идентифицировать бактерии без длительных процедур выделения чистых культур.
Как отметила первый автор София Борхес, метод даёт быстрое, экономичное и надёжное представление о бактериях, выделенных из сложных микробиологических образцов, до их отбора для дальнейшего изучения.