Исследователи разработали новый метод изучения функциональности микробиоты
Группа исследователей из Центра бионаук Турку (Финляндия) разработала новый метод изучения функциональности микробиоты с помощью метапротеомики. Метод открывает широкие возможности для изучения микробиоты на новом, функциональном уровне.
Характеристика функциональности кишечной микробиоты имеет ключевое значение для изучения здоровья и болезней человека, а также для прогнозирования, профилактики и лечения заболеваний. Предыдущие исследования в основном были сосредоточены на каталогизации состава микробиоты, тогда о её функциональности известно мало.
Белки необходимы для жизненно важных функций организма. Они управляют большинством клеточных процессов и обеспечивают сложные взаимодействия между клеткой и её окружением. Поэтому изучение белков может дать обширную информацию о различных функциях клеток. Анализ белков может широко использоваться в медицинских исследованиях, включая профилирование микробиома кишечника.
Руководимая профессором Лаурой Эло исследовательская группа из Университета Турку разработала новый метод на основе масс-спектрометрии, который позволяет широко изучать уровни белков в сложных образцах микробиоты.
«До недавнего времени исследования микробиоты были сильно сосредоточены на обнаружении того, какие микробы присутствуют в образце, но анализ функциональности микробиоты был сложной задачей. Однако последние технологические достижения также позволили глубже погрузиться в функциональность. Изучение уровней белков в образцах микробиоты — это одна из таких развивающихся областей исследований, дающая нам возможность достичь более широкого понимания функциональности и динамики микробиоты», — говорит Эло.
Новый метод использует новейшие технологии масс-спектрометрии и передовые вычислительные методы, что обеспечивает значительно лучшее покрытие и воспроизводимость результатов по сравнению с предыдущими методами.
«Новый метод, который мы разработали для анализа сложных белковых данных, даёт более надёжные результаты, чем предыдущие методы», — говорит постдокторант Сами Питяля.
«Обычно используемые исследовательские методы анализируют только наиболее распространённые белки, что вызывает колебания в результатах от одного анализа к другому. Новый метод анализирует образцы систематически и даёт надёжные результаты без такого рода колебаний», — продолжает Питяля.
Вычислительный метод опубликован как программное обеспечение с открытым исходным кодом и свободно доступен для научного сообщества.
«Для нас было чрезвычайно важно сделать этот новый метод доступным для всех исследователей в виде простого в использовании приложения. Мы также готовы участвовать в дальнейшей разработке и поддержке этого инструмента», — добавляет постдокторант Томи Суоми.
Исследование опубликовано в журнале ISME Communications.