Новый инструмент для выявления чёрной ножки картофеля имеет широкое применение

Картофель — важная культура, занимающая четвёртое место среди основных продовольственных культур мира. В США его выращивают в 30 штатах, а годовая стоимость урожая составляет $4 млрд. Картофель подвержен 160 различным грибковым, бактериальным и вирусным заболеваниям, таким как чёрная ножка и мокрая гниль, вызываемые бактерией Dickeya dianthicola.

В 2015 году агрессивная вспышка этой бактерии привела к потерям более $40 млн. Отчасти это произошло из-за невозможности обнаружить именно этот патоген при скрининге семенного картофеля с помощью ДНК-тестов.

Чтобы предотвратить повторение вспышек такого масштаба, учёные разработали удобный онлайн-инструмент Uniqprimer, который быстро и автоматически создаёт видоспецифичные ДНК-маркеры (праймеры) для выявления патогенов с помощью ПЦР-тестирования.

Для проверки Uniqprimer учёные проанализировали 116 полевых образцов на наличие D. dianthicola и обнаружили бактерию в образцах из девяти штатов. Uniqprimer смог выявить патоген там, где более распространённые тесты не сработали.

Хотя Uniqprimer был создан для борьбы с чёрной ножкой картофеля, его можно применять для любого патогена в любом географическом регионе. Инструментом может пользоваться любой человек с доступом в интернет, даже без опыта в биоинформатике.

«Мы надеемся, что Uniqprimer и разработанные с его помощью тесты помогут в точном обнаружении D. dianthicola и многих других патогенов, — сказала ведущий автор Шаиста Карим. — Точное выявление патогена — это первый шаг в борьбе с болезнью, который помогает снизить потери в картофелеводстве и своевременно информировать фермеров для принятия лучших решений».