Новый портативный ДНК-секвенатор быстро и точно диагностирует вирусы пшеницы

Болезни наносят значительный ущерб урожаям пшеницы. Например, в 2016 году Бангладеш пострадал от инвазии южноамериканских рас грибка пшеничной головни, которая распространилась примерно на 15 000 гектаров (16% посевных площадей пшеницы в стране) и привела к потерям урожая до 100%.

Традиционная диагностика болезней растений зависит от экспертизы патологов и визуальной оценки симптомов, которые можно спутать с повреждениями от дефицита питательных веществ или факторов окружающей среды. Также сложно выявлять коинфекции и патогены, не поражающие надземные части растения. Не существует быстрого метода идентификации неизвестных патогенов во время вспышек, что стало очевидно во время эпидемии пшеничной головни в Бангладеш.

Учёные из USDA-ARS и Университета штата Канзас разработали новую технологию для быстрой и точной идентификации вирусов в полях пшеницы. Они собрали четыре образца пшеницы в западном Канзасе и использовали новый ДНК-секвенатор размером с губную гармошку и компьютерную программу для быстрого обнаружения трёх разных вирусов в образцах. Результаты также указали на возможное присутствие нового штамма вируса.

Это первое сообщение об использовании портативной технологии нанопорового секвенирования для идентификации вирусов пшеницы. Исследование опубликовано в сентябрьском выпуске журнала Plant Disease под названием "Wheat Virus Identification Within Infected Tissue Using Nanopore Sequencing Technology". Технология имеет широкие перспективы применения для идентификации болезней растений и животных и полевой диагностики.