Метод STAMP на основе визуализации делает исследования одноцепочечной РНК более доступными

Ученые из Детской исследовательской больницы Сент-Джуд, Национального центра геномного анализа и Университета Аделаиды разработали метод анализа одноцепочечной РНК, который в 47 раз дешевле и более масштабируем, чем существующие техники.

Секвенирование одноцепочечной РНК (scRNA-seq) дает важную информацию об экспрессии генов, но является дорогостоящим и часто ограничивает анализ больших популяций клеток.

Новый метод, названный Single-Cell Transcriptomics Analysis and Multimodal Profiling through Imaging (STAMP), сочетает микроскопию с анализом одноцепочечной РНК. Он позволяет изучать миллионы отдельных клеток за малую часть стоимости существующих подходов. Работа опубликована в журнале Cell.

Как работает STAMP

Исследователи разделяют клетки тканей до отдельных, несвязанных единиц, фиксируют ("штампуют") их на предметных стеклах для микроскопии, что "замораживает" их состояние, включая форму и экспрессированные гены. Затем добавляются молекулы, которые светятся под микроскопом при связывании с определенными последовательностями РНК.

Преимущества метода

• Стоимость: Анализ иммунных клеток от 1000 человек с помощью обычных методов стоит около 3.56млн * *, асиспользованиемSTAMP— * *75 000 (в 47 раз дешевле).
• Масштабируемость: STAMP позволяет профилировать миллион клеток одновременно, в то время как типичные методы работают с десятками тысяч.
• Отсутствие смещения (bias): В отличие от обычного scRNA-seq, где клетки должны проходить через узкие каналы (что благоприятствует сферическим клеткам), STAMP проводится на предметном стекле. Это позволяет анализировать клетки любой формы, включая нейроны.
• Чувствительность: Метод показал способность обнаружить две раковые клетки среди примерно 850 000 других клеток на одном стекле.
• Доступность: Метод требует только стандартного микроскопа, который есть практически в любом научном учреждении, в отличие от дорогого оборудования и вычислительной инфраструктуры для обычного scRNA-seq.

Значение для науки и медицины

STAMP сочетает количественные данные об экспрессии генов с возможностью визуального изучения клеток. Это открывает новые возможности для фундаментальных исследований (например, различения стадий развития стволовых клеток) и потенциальных клинических применений, таких как обнаружение единичных раковых клеток, устойчивых к лечению.