Вирусы предпочитают сельскохозяйственные угодья природным зонам
Сельскохозяйственные районы сильнее подвержены вирусным эпидемиям, чем природные. К такому выводу пришло международное исследование в рамках франко-южноафриканского сотрудничества, проведённое во флористических зонах Западного Кейпа и Камарга. Результаты опубликованы в январе 2018 года в журнале ISME Journal.
- Влияние сельского хозяйства: Оно оказывает значительное влияние на распространение и частоту встречаемости растительных вирусов. В агроценозах вирусные инфекции встречаются значительно чаще, чем в природных экосистемах.
- Причина эпидемий: «Скученность и концентрация генетически сходных организмов, как в случае с сортами сельскохозяйственных культур, подпитывают эпидемии», — объясняет исследователь в области фитовирусологии CIRAD Филипп Руманьяк.
- Вирусное разнообразие в природе: Исследование также показывает, что в «природном компартменте», всё ещё слабо изученном с точки зрения биоразнообразия микроорганизмов, содержится большое количество вирусов. «Прилегающие к сельхозугодьям территории могут помочь нам лучше понять механизмы возникновения болезней растений», — отмечает учёный.
Проблема недостатка знаний:
Официально описано лишь около 1400 видов растительных вирусов, что, вероятно, сильно занижено. Это знание искажено, так как:
- Вирусы описывались почти исключительно на небольшом числе сельскохозяйственных видов.
- Большинство вирусов охарактеризовано только после появления симптомов у хозяев.
«Наше понимание мира растительных вирусов остаётся крайне частичным как в плане разнообразия, так и в плане их распределения на уровне агроэкосистем», — говорит исследователь CIRAD Дени Фийу. Это препятствует пониманию функционирования агроэкосистем и разработке стратегий борьбы с болезнями.
Методология:
Для получения результатов учёные применили новый подход — вирусную метагеномику. Этот метод позволяет с помощью высокопроизводительного секвенирования получить доступ к вирому — всем вирусным последовательностям в образце.
С 2009 года новое поколение метагеномных исследований в фитопатологии позволяет напрямую связывать последовательности патогенов с их хозяином и/или географическим положением. Эта пространственная метагеномика революционизировала представление о распространении фитовирусов, показав, что многие проанализированные растения были заражены.