Консорциум представил рекомендации по характеристике некультивируемых вирусов
Микробы на планете, как считается, превосходят по численности звезды в галактике Млечный Путь. Ожидается, что общее количество вирусов значительно превышает даже эту оценку.
Хотя многие вирусы остаются неизвестными и некультивируемыми, достижения в секвенировании и анализе геномов позволили исследователям идентифицировать более 750 000 геномов некультивируемых вирусов из метагеномных и метатранскриптомных наборов данных. В базе данных вирусных последовательностей IMG/VR, созданной и поддерживаемой исследователями из Объединенного института генома (JGI) Министерства энергетики США (DOE), доступное вирусное разнообразие утроилось за один год.
Поскольку все больше исследователей продолжают собирать новые геномные последовательности некультивируемых вирусов, ученые JGI возглавили совместную работу по разработке рекомендаций и лучших практик для определения качества вирусных данных. В отчете, опубликованном 17 декабря 2018 года в Nature Biotechnology, JGI сотрудничал с рядом экспертов по вирусам, а также с представителями Консорциума по геномным стандартам (GSC) и Международного комитета по таксономии вирусов.
Рекомендации по качеству и анализу
"Вирусы являются критически важными компонентами каждой микробной экосистемы. JGI особенно заинтересован в разработке стандартов для геномов вирусов, поскольку мы сами генерируем большую часть этих данных", — сказал научный сотрудник JGI и первый автор Саймон Ру. Он отметил, что в статье представлены не только стандарты, но и описаны типы анализов, которые можно выполнять с этими данными.
Для культивируемых вирусов уже существуют свои стандарты качества данных, но они не могут быть напрямую применены к некультивируемым вирусам, последовательности которых часто неполны.
"Сообщество исследователей геномов некультивируемых вирусов объединилось, чтобы определить, что важно сообщать и что ценно для научного сообщества", — сказала президент GSC Линн Шримл.
Категории качества вирусного генома
В статье Ру и его коллеги изложили минимальный объем информации для генома некультивируемого вируса, включая источник, методы идентификации и качество данных. Ранее JGI уже разрабатывал стандарты минимальных метаданных для геномов, полученных из отдельных амплифицированных геномов (SAGs) и собранных из метагеномов (MAGs).
Команда предложила три категории качества генома:
- Фрагменты генома — состоят из одного или нескольких фрагментов, которые, как прогнозируется, являются менее чем на 90% полными, или для которых не оценен размер генома, и которые минимально аннотированы.
- Высококачественный черновой геном — оценивается как представляющий 90% или более полной ожидаемой последовательности генома, во фрагментах, где любые пробелы приходятся в основном на повторяющиеся области.
- Завершенный геном — включает как полную последовательность, состоящую из одного непрерывного фрагмента без пробелов, так и расширенную аннотацию.
Шримл отметила, что журналы также начали поддерживать применение руководств GSC "Минимальная информация о любой (X) последовательности (MIxS)", под эгидой которых находятся стандарты для геномов некультивируемых вирусов. GSC отслеживает внедрение этих стандартов с помощью записей, загружаемых в базу данных BioSample.