Продвижение возможностей вирусной метагеномики

Вирусы обладают огромной силой, способной влиять почти на все аспекты нашей жизни, что стало особенно очевидно с начала 2020 года. Однако для исследователей, изучающих вирусы, заражающие гораздо меньшие, чем человек, организмы (например, бактерии), эта сила не является неожиданностью. Даже в непандемические времена такие вирусы играют ключевую роль в глобальных процессах. Например, вирусы, поражающие фотосинтезирующие цианобактерии в мировом океане, могут значительно влиять на углеродный и азотный циклы Земли.

Один из лучших современных способов изучения таких вирусов — секвенирование всей ДНК или РНК в образце, собранном из любой среды: кишечника животных (включая человека), почвы, гидротермальных источников на дне океана. Затем с помощью вычислительных методов идентифицируются последовательности, представляющие вирусы, присутствовавшие в образце. Эти данные позволяют ответить на множество важных вопросов: какие организмы являются мишенями вирусов, насколько эффективно организмы-хозяева противостоят инфекции и как долго длится эта эволюционная «гонка вооружений». Ответы критически важны для понимания роли вирусов в экологии, сельском хозяйстве и медицине.

В недавно опубликованной статье авторы представляют краткую историю этой области, описывают наиболее распространённые методы и обсуждают текущие вызовы, с которыми сталкиваются исследователи, использующие метагеномику для понимания далеко идущего воздействия вирусов, обнаруженных во всех биомах Земли.