Новый метод раскрывает взаимодействие вируса Зика внутри клеток

Ученые разработали технику COMRADES (Crosslink Of Matched RNAs And DEep Sequencing), которая позволяет определить структуру и взаимодействия генома РНК-вирусов внутри клеток хозяина. Метод, опубликованный в Nature Methods, был применен для изучения вируса Зика в человеческих клетках.

Проблема РНК-вирусов

РНК-вирусы (например, вирусы Эбола, Зика, SARS-CoV) представляют высокую угрозу пандемий из-за быстрой эволюции и отсутствия универсальных лекарств. Их геном взаимодействует с механизмами клетки-хозяина, но детали этих взаимодействий внутри клетки были largely неизвестны.

Суть метода COMRADES

Техника выявляет прямое взаимодействие вирусной и хозяйских РНК через base-pairing (спаривание оснований). Она может:

• Сканировать взаимодействия РНК хозяина и вируса.
• Определять структуру вирусного генома в клетке.
• Раскрывать идентичность и позицию каждого base-pair в одном эксперименте. Метод применим к любому РНК-вирусу в любой клетке-хозяине.

Результаты для вируса Зика

Применение COMRADES к вирусу Зика в человеческих клетках выявило:

• Структуру его генома.
• Множественные взаимодействия с человеческими регуляторными некодирующими РНК: micro RNAs, transfer RNAs и small nuclear RNAs.

Перспективы для терапии

Информация от COMRADES открывает путь к созданию нового поколения противовирусных препаратов:

• Можно дизайнить короткие последовательности РНК или ДНК, которые будут блокировать выявленные взаимодействия вируса и хозяина.
• Это может помешать репликации вируса и распространению инфекции.
• Препарат Miraversen, нацеленный на подобное взаимодействие для вируса гепатита C, уже находится на продвинутых стадиях клинических испытаний.

Как отметил ведущий исследователь доктор Омер Зив: "Информация от COMRADES открывает дверь к совершенно новому способу борьбы с этими вирусами... Как человеческие, так и животные РНК-вирусные заболевания могут стать мишенью для таких исследований".