Новый метод секвенирования вирусов

Ученые из Национального университета Сингапура (NUS) разработали более эффективный метод для секвенирования полных геномов вирусов, переносимых комарами, напрямую из образцов пациентов.

Вирусы Денге, Зика и Чикунгунья — потенциально опасные для жизни заболевания. Они передаются человеку через укус инфицированного комара. Вирус Зика также может передаваться от инфицированной матери плоду. Тревожно, что распространение этих вирусов и их комаров-переносчиков резко возросло в последние годы, что привело к увеличению числа инфекций. Симптомы у пациентов, инфицированных этими вирусами, схожи, что затрудняет постановку правильного диагноза.

В ответ на угрозу, которую представляют эти вирусы, исследовательская группа под руководством профессора Октября СЕССИЙСА с факультета фармации и Школы общественного здравоохранения им. Соу Сви Хока (NUS) разработала более эффективный метод секвенирования полных вирусных геномов вирусов Денге, Зика и Чикунгунья напрямую из образцов пациентов (мочи и крови). Полная информация о вирусном геноме важна, так как может дать сведения о происхождении вируса и его вредных эффектах. Эти данные затем можно использовать для быстрой характеристики вспышек и сдерживания распространения вируса в сообществе.

Получение полных геномов вирусов из образцов пациентов — трудоемкая и часто бесплодная задача, требующая детальных знаний о вирусе. Основная проблема при прямом секвенировании полных вирусных геномов из образцов пациентов заключается в том, что в образце содержится слишком много человеческого генетического материала по сравнению с количеством вирусных геномов, чтобы этот подход работал стабильно. Исследователи использовали вычислительный алгоритм, который они разработали, чтобы создать «приманки», способные специфически захватывать вирусный геном, удаляя при этом невирусную часть образца. Это увеличивает количество вирусных геномов в образце, что приводит к повышению чувствительности и эффективности секвенирования генома.

Профессор Сессийс сказал: «Широкое внедрение этой методологии потенциально может обеспечить более эффективный способ получения вирусной информации от инфицированных пациентов. Её можно будет доработать до портативного секвенатора размером с телефон, сделав его доступным для использования в полевых условиях».