Новый подход к транскриптомике раскрыл свойства 35 подтипов нейронов у мышей

Исследователи из Университетского колледжа Лондона, Колумбийского и Оксфордского университетов разработали новый подход к проведению транскриптомики и использовали его для изучения свойств 35 подтипов нейронов у мышей. Исследование опубликовано в журнале Nature.

Одна из целей нейробиологии — понять, как работает мозг. Учитывая его сложность, эта задача амбициозна. Учёные полагают, что её можно решить с помощью пошаговых исследований, объясняющих функции различных частей мозга. Часть этой работы — создание каталога типов и подтипов клеток мозга.

Классификация типов клеток включает расшифровку и запись набора экспрессируемых генов — процесс, называемый транскриптомикой. Это позволяет определить роль каждого гена в нейронных цепях. Для этого исследователи используют различные методы транскриптомики (требующие работы с живой тканью), чтобы изучить такие области, как зрительная кора мыши. На сегодня идентифицировано 95 групп клеток.

В новой работе исследователи разработали новый метод — coppaFISH, способный одновременно определять экспрессию 72 генов в тонком срезе ткани мозга. Он сочетает in vivo двухфотонную кальциевую визуализацию с традиционными транскриптомными методами. Полученные профили экспрессии генов затем используются для сопоставления транскриптомов с идентичностью клеток.

Учёные применили эту технику для получения новых данных о 1090 интернейронах, относящихся к 35 подтипам нейронов. Они обнаружили, что определённые транскриптомные принципы можно использовать для предсказания активности других типов клеток, создав транскриптомную ось, которая коррелирует с некоторыми клеточными свойствами. Исследователи предполагают, что их метод можно применять и в других областях мозга.