Новый метод для технологий транскриптомики единичных клеток

Методы транскриптомики единичных клеток позволяют изучать тысячи отдельных клеток живых организмов и секвенировать генетический материал каждой. Гены активируются по-разному в каждом типе клеток, что порождает такие типы, как нейроны, клетки кожи и мышечные клетки. Эта технология помогает идентифицировать активные гены в каждом типе клеток и понять, как генетические различия меняют их идентичность и функцию. Это открывает новые типы клеток, включая ранее ненаблюдаемые стволовые клетки, и помогает прослеживать сложные процессы развития.

"Транскриптомика единичных клеток произвела революцию в биологии, но это область, которая все еще активно развивается", — объясняет Хелена Гарсия Кастро, соавтор исследования.

Текущие методы используют протоколы диссоциации клеток из "живых" тканей, что подвергает клетки стрессу, заставляет их меняться и ограничивает точность исследований.

Чтобы решить эту проблему, исследовательская группа использовала исторические работы и возродила процесс XIX–XX веков, создав метод ACME (ACetic acid MEthanol dissociation).

Учёные поняли, что при этом методе клетки не страдают от диссоциации, так как он останавливает их биологическую активность и "фиксирует" их с самого начала исследования.

Метод ACME позволяет криоконсервировать клетки один или несколько раз в течение всего процесса: сразу после диссоциации, в полевых условиях или при выполнении многоэтапных протоколов.

"Это означает, что учёные теперь могут обмениваться образцами между лабораториями, сохранять клеточный материал, а большие наборы образцов можно замораживать для последующего одновременного анализа, не разрушая целостность генетического материала в клетке", — добавляет доктор Джорди Солана.

"Мы взяли метод из старых статей и переработали его, чтобы он работал с современными методами транскриптомики единичных клеток. С помощью нашего нового метода мы теперь приступим к характеристике типов клеток у многих животных".

Благодаря методу ACME учёные теперь могут сотрудничать с другими лабораториями и исследовать большее разнообразие клеток животных, что было невозможно без технологии диссоциации и заморозки живых клеточных тканей.

Исследование "ACME dissociation: a versatile cell fixation-dissociation method for single-cell transcriptomics" опубликовано в Genome Biology.