Новый метод секвенирования раскрывает транскриптом рифообразующего коралла

Исследователи, применив новую методику подготовки кДНК в сочетании с современными методами секвенирования, раскрыли личиночный транскриптом рифообразующего коралла Acropora millepora. Их работа, опубликованная в журнале BMC Genomics, представляет самую обширную на сегодня базу данных генов и генетических маркеров для коралла.

Коллектив учёных из Техасского университета в Остине и Университета Индианы под руководством Михаила Маца и Джона Колборна разработал новый метод анализа транскриптома на основе технологии секвенирования нового поколения 454. De novo анализ транскриптома — это экономичная альтернатива секвенированию генома для поиска генов, кодирующих белки, и генетических маркеров. По словам ведущего автора статьи Илая Мейера, их метод решает проблемы, мешавшие секвенированию транскриптомов на платформе 454, такие как гомополимерные (A/T) участки, артефакты адаптеров и неравномерное покрытие транскриптов.

Новый метод требует всего 1 микрограмм общей РНК, устраняет необходимость в этапе отбора цепей перед эмульсионной ПЦР и даёт в 2–5 раз больше данных секвенирования 454, чем любые предыдущие попытки. Мейер отметил, что эти инструменты позволяют быстро и недорого (за несколько недель и несколько тысяч долларов) создать ресурсы последовательностей для любого организма.

Протокол, описанный в статье, был разработан для 454-FLX. Его текущая версия (доступна на сайте авторов) уже адаптирована и протестирована для работы с последней версией 454 'Titanium'.

Помимо демонстрации технической эффективности метода, исследование позволило идентифицировать около 11 000 генов на основе сходства последовательностей с известными белками, более 30 000 маркеров генетической вариативности и ряд новых генов-кандидатов, связанных с реакцией на стресс. Характеристика личиночного транскриптома этого широко изучаемого коралла позволит исследовать биологические процессы, лежащие в основе стрессовых реакций кораллов, и их эволюционную адаптацию к глобальным изменениям климата.

Найти гены коралла можно онлайн по адресу: www.bio.utexas.edu/research/matz\_lab/matzlab/454.html.