Использование разрезающего фермента и фермента репарации РНК для модификации геномов РНК-вирусов

Микробиологи из Университета Монтаны разработали метод модификации генома РНК-вируса с помощью разрезающего фермента и фермента репарации РНК. Технику описывают в Science Advances.

В последнее десятилетие были созданы инструменты редактирования генов CRISPR, позволяющие редактировать ДНК. Процесс использует РНК-последовательности для поиска цели в цепи ДНК и определённый белок для разрезания. Система была разработана после открытия, что бактерии и археи используют её для редактирования ДНК вирусных врагов.

В последнее время учёные пытаются использовать аналогичный метод для редактирования РНК. Большинство современных подходов включает транскрипцию РНК в ДНК, внесение правок и обратную транскрипцию в РНК. Исследователи из Монтаны искали более прямой подход.

Новый подход использует систему CRISPR типа III, взятую из Streptococcus thermophilus (бактерии, встречающейся в молочных продуктах). Она находит место в целевой РНК, где требуется разрез. После разреза целевой РНК используются ДНК-сплинты, чтобы стянуть разделённые концы, которые затем сшиваются с помощью вирусного фермента лигазы.

Для проверки метода команда создала целевые делеции в РНК вируса Синдбис. Вирус был выбран, потому что имеет зелёный флуоресцентный сегмент в своей РНК. Его удаление позволило вирусу выжить, но он перестал флуоресцировать.

Исследователи предполагают, что их техника (или подобные) может использоваться для исследований РНК, особенно связанных с приобретением или потерей функций у вирусов, например, вирулентности. Они отмечают, что метод также может удалять функции вируса, позволяющие ему обходить лекарства. Кроме того, возможность редактировать РНК открывает путь к новым типам терапии для лечения РНК-зависимых расстройств.