Новый метод раскрывает роль неуловимой РНК в регенерации мышц
Команда Корнеллского университета разработала метод пространственного тотального секвенирования РНК (STRS), который позволяет картировать весь спектр РНК в транскриптоме клетки, включая ранее недоступные для анализа типы.
Проблема существующих методов
Стандартная пространственная транскриптомика отслеживает РНК, используя их полиаденилированный (poly-A) хвост. Однако некодирующие РНК и некоторые другие типы не получают такой хвост, что делало их "своего рода темной материей транскриптома".
Суть нового метода STRS
Исследователи применили фермент поли-А-полимеразу, который добавляет адениновые основания ко всем молекулам РНК в образце.
- Если у РНК уже был poly-A хвост, он становится длиннее.
- Если хвоста не было, он появляется. Это позволяет использовать существующие технологии секвенирования для захвата ранее упускаемых РНК.
Результаты применения
С помощью STRS команда показала:
- Как некодирующие РНК регулируют регенерацию скелетных мышц у мышей.
- Возможность одновременного пространственного картирования вирусных РНК (не от хозяина) и тканевого ответа хозяина при вирусном миокардите.
Преимущества и перспективы
- Метод добавляет всего один недорогой шаг к коммерчески доступным протоколам, что облегчает его быстрое внедрение другими научными группами.
- STRS открывает возможность анализа других биологических систем: микробиома, других вирусных заболеваний и, потенциально, некоторых форм бактери-ассоциированного рака.
- Исследователи планируют развивать технологии более высокого разрешения для изучения экспрессии генов в отдельных клетках.
"Существуют сотни или тысячи генов, которые просто не обнаруживаются существующими технологиями. Теперь мы можем охватить всю эту другую сторону транскриптома. Гибкость STRS позволяет картировать экспрессию генов при любом заболевании и в любой ткани", — отмечает ведущий автор Дэвид Маккеллар.
Исследование опубликовано в журнале Nature Biotechnology.