Новые данные о коэволюции ретровирусов и хозяев

Ретровирусы колонизировали позвоночных хозяев миллионы лет, встраивая свои гены в геномы хозяев. Это позволило им наследоваться через поколения в виде эндогенных ретровирусов (ERVs). Исследователи из Уппсальского университета представили новые данные о долгосрочных ассоциациях ретровирусов и их хозяев, изучив вариацию и сегрегацию ERV в популяциях диких и домашних кроликов. Результаты опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

Ретровирусы, такие как ВИЧ у людей, должны стать частью ядерной ДНК клетки-хозяина для производства новых вирусов. В масштабах миллионов лет инфильтрации ретровирусов в половые клетки наследовались потомством хозяина как ERV, которые сегодня составляют значительные части геномов позвоночных.

Исследователи использовали современные технологические достижения для популяционного анализа полных геномов, полученных от диких и домашних хозяев. Это дало новые представления о вариациях ERV в геноме хозяина. В качестве модели изучали европейских кроликов, которые разделились на два подвида на Пиренейском полуострове около миллиона лет назад и были одомашнены на юге Франции около 1000 лет назад.

«Изучая последовательности целых геномов родственных популяций хозяев по сравнению с геномом одной особи, мы можем идентифицировать новые ERV, чтобы лучше понять коэволюцию ретровируса и хозяина», — говорит ведущий автор исследования Даниэль Ривас.

Используя данные сотен особей из многих популяций кроликов, исследователи смогли выявить ранее неизвестные ретровирусные вставки, а также определить распространение тех, что уже существовали в референсном геноме. Разнообразие ERV в основном следует дивергенции кроликов, и результаты указывают на существенную вариацию вставок ERV в разных популяциях. Эти новые данные проливают свет на то, как ERV распространяются в популяциях хозяев и как это распространение коррелирует с эволюцией вида-хозяина.

«Обилие и сегрегирующая вариация, которую мы обнаруживаем в популяциях хозяев, демонстрируют, что геномная запись ERV является замечательным источником для эволюционной перспективы на ассоциации ретровируса и хозяина», — говорит возглавлявший исследование Патрик Йерн.