Новые данные о коэволюции вируса и хозяина, полученные из геномной записи

Ретровирусы — важные патогены, которые атакуют позвоночных хозяев миллионы лет. Исследователи из Уппсальского и Лундского университетов представили новые данные о долгосрочном взаимодействии ретровирусов и их хозяев, проанализировав эндогенные ретровирусы (ERV) — ретровирусы, чьи гены стали частью генома организма-хозяина. Результаты опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

Ретровирусы, включая ВИЧ у людей, должны встроиться в геном клетки-хозяина для производства новых вирусов. Иногда ретровирусы проникают в половые клетки и передаются вертикально потомству хозяина как ERV. Следовательно, ERV составляют значительную часть геномов позвоночных и представляют собой запись прошлых взаимодействий хозяина и ретровируса.

«Это исследование демонстрирует мощный ресурс, который представляет геномная запись ERV для лучшего понимания коэволюции хозяина и ретровируса», — говорит Патрик Йерн, научный сотрудник кафедры медицинской биохимии и микробиологии Уппсальского университета, руководивший исследованием.

Исследователи использовали современные достижения в области анализа больших данных полных геномных последовательностей для получения новых данных об эволюции, разнообразии, смене хозяев и факторах, влияющих на передачу ретровирусов. Около 36 000 ERV, извлечённых из 65 геномов позвоночных, показывают, что:

• Ретровирусы широко распространены среди позвоночных.
• Линии ретровирусов либо недолговечны в эволюционном масштабе времени, либо значительное число ретровирусов ещё предстоит открыть.
• Ни одна крупная изученная линия позвоночных не избежала активности ретровирусов.
• Ретровирусы, по-видимому, являются экстремальными генералистами по хозяевам и часто переключаются между далёкими в родственном отношении позвоночными хозяевами.

«Мы надеемся, что эти методы будут полезны в будущих исследованиях, позволяя получить дополнительные знания об эволюционной экологии вирусов и их видов-хозяев», — говорит Патрик Йерн.