Полноценная референсная последовательность генома пшеницы будет доступна менее чем через два года

Международный консорциум по секвенированию генома пшеницы (IWGSC) объявил о создании сборки полного генома хлебной пшеницы — самой широко выращиваемой зерновой культуры в мире. Это значительно ускорит глобальные исследования по улучшению урожая. Сборка была выполнена для сорта пшеницы Chinese Spring на основе коротких прочтений Illumina с использованием программного обеспечения DeNovoMAGICTM компании NRGene.

Проект является государственно-частным партнёрством под руководством IWGSC. В нём участвовали исследователи из IPK Gatersleben (Германия), Университета Саскачевана (Канада), Института глобальной продовольственной безопасности (Канада), Университета штата Канзас (США), компаний Illumina и NRGene, а также учёные из Тель-Авивского университета и французского Национального института сельскохозяйственных исследований (INRA).

Финансирование было предоставлено организациями Genome Canada, Genome Prairie, Министерством сельского хозяйства Саскачевана, комиссиями по развитию пшеницы Саскачевана и Альберты, Фондом исследований западных зерновых, Национальным научным фондом США и компанией Illumina.

Новые данные помогут ускорить создание высококачественной референсной последовательности генома пшеницы. Нилс Штайн отметил, что новая сборка представляет собой крупный прорыв в стратегии IWGSC.

Келли Иверсол, исполнительный директор IWGSC, заявила: "Предварительные результаты, полученные NRGene, впечатляют. Мы ждали этого много лет. Эта сборка пришла как раз вовремя, так как её можно интегрировать с ресурсами, специфичными для хромосом, которые разрабатывались IWGSC в течение последних 10 лет. Это позволит получить высококачественную референсную последовательность генома пшеницы менее чем за два года".

Данные полногеномной сборки будут интегрированы с данными секвенирования на основе физических карт. Это позволит создать упорядоченную последовательность для каждой из 21 хромосомы пшеницы, точно определяя местоположение генов, регуляторных элементов и маркеров, что станет бесценным инструментом для селекционеров.

Кёртис Позняк подчеркнул, что эта последовательность станет важным ресурсом для идентификации генов, влияющих на адаптацию, устойчивость к стрессам и болезням, а также на повышение урожайности.

Результаты сборки будут представлены на конференции Plant & Animal Genome в Сан-Диего в январе 2016 года. Все данные будут доступны в репозитории последовательностей пшеницы IWGSC в URGI-INRA.

Значение для продовольственной безопасности:

• Пшеница — основной продукт питания для более чем 35% населения мира.
• К 2050 году для удовлетворения потребностей прогнозируемого населения в 9,6 млрд человек урожайность пшеницы должна ежегодно увеличиваться на 1,6%.
• Высококачественная референсная последовательность генома предоставит детальную геномную информацию, необходимую для исследований, направленных на достижение этой цели.