Ресурс для исследования пшеницы стал доступен для загрузки
Новый сбор генома хлебной пшеницы (Triticum aestivum cv. Chinese Spring), созданный The Genome Analysis Centre (TGAC), теперь публично доступен для загрузки и полного анализа в базе данных Ensembl Европейского института биоинформатики (EMBL-EBI).
Это наиболее полная и точная на сегодняшний день сборка генома хлебной пшеницы:
- Аннотировано и собрано 91% генома (98 974 гена).
- Общая длина последовательности составляет 13.4 GB.
На новой сборке также размещены данные выравнивания RNA-seq из трёх различных исследований по 18 образцам. Данные генома пшеницы можно искать через идентификатор гена или с помощью инструмента биоинформатики BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Дополнительная аннотация будет постепенно добавляться в ближайшие месяцы.
Улучшенная сборка генома поможет:
- Селекционерам ускорить программы по улучшению урожая.
- Исследователям находить гены, ответственные за ключевые признаки: урожайность, использование питательных веществ и качество хлеба.
Поскольку пшеница — одна из важнейших мировых культур, этот геномный ресурс будет способствовать обеспечению будущих продовольственных поставок. Совместное использование данных соответствует принципам Инициативы по пшенице (Wheat Initiative) для решения глобальной задачи — прокормить население почти в 10 миллиардов человек к 2050 году.
Полный набор данных с идентифицированными генами находится в открытом доступе в базе данных Ensembl (EMBL-EBI). Это ключевая веха в проекте "Triticeae Genomics for Sustainable Agriculture", финансируемом BBSRC, в сотрудничестве с TGAC, JIC, EMBL-EBI и Rothamsted Research. Данные также доступны для поиска последовательностей (BLAST) на платформе TGAC Grassroots Genomics.
Профессор Федерика Ди Пальма, руководитель проекта и директор по науке TGAC: "Это выдающееся достижение, которое демонстрирует уровень науки, способной выполняться многопрофильными специалистами TGAC".
Майк Беван, John Innes Centre (со-главный исследователь): "Эта новая сборка генома позволяет проводить новые типы исследований пшеницы, поскольку она содержит точную информацию о расположении генов и повторов в большом и сложном геноме. Мы стремимся облегчить работу исследователей по всему миру, выпуская сборки на ранней стадии".