Пакет R для комплексного анализа данных протеомики, ориентированной на пептиды и белки

В недавней статье в Bioinformatics Advances лаборатории Пикотти (Институт молекулярной системной биологии) представлен их пакет R для анализа данных ограниченного протеолиза в сочетании с масс-спектрометрией (LiP-MS) и протеомики, ориентированной на пептиды.

Новые подходы в протеомике, такие как LiP-MS, фосфопротеомика и другие эксперименты, ориентированные на посттрансляционные модификации (ПТМ), требуют гибких программных инструментов для анализа и интерпретации их больших и часто разнообразных структур данных. Существующие пакеты R либо предлагают фиксированные конвейеры анализа, либо не подходят для конкретных потребностей пользователей.

Лаборатория Пикотти представляет пакет R "protti", который удобен для пользователя и прост во внедрении даже для неопытных пользователей R. Этот пакет подходит для анализа данных, ориентированных как на пептиды, так и на белки, и может использовать в качестве входных данных различные матрицы количественных данных. protti можно использовать для контроля качества, статистического анализа и интерпретации данных. Хотя protti не предоставляет графический интерфейс пользователя, его принципы проектирования — основанные на пакетах tidyverse — и документация делают его простым для понимания и доступным для новичков.

Благодаря гибкому дизайну он поддерживает анализ наборов данных протеомики без меток, с зависимым от данных (DDA), независимым от данных (DIA) и таргетным (SRM/PRM) приобретением. protti может работать с выходными данными любого поискового движка и программного пакета, обычно используемого в экспериментах по протеомике, таких как Spectronaut, Skyline, MaxQuant или Proteome Discoverer, адекватно экспортированными в табличный формат. Стабильные версии доступны через CRAN (https://CRAN.R-project.org/package=protti) и работают на всех основных операционных системах. Разрабатываемая версия поддерживается на GitHub (https://github.com/jpquast/protti).