Плагин для поиска в публичных данных масс-спектрометрии при целевом протеомном анализе

Биологи часто формулируют гипотезы в контексте белковых взаимодействий, сетей и путей. Их эксперименты могут быть сосредоточены на измерении определенного подмножества этих белков, что соответствует целевому протеомному анализу. Однако проектирование такого эксперимента остается очень трудоемким и обычно требует участия специалистов по масс-спектрометрии.

Многие публикации предлагают методы для улучшения дизайна белковых анализов. Эти подходы в основном используют ранее идентифицированные соответствия пептидов и спектров, обращаясь к крупным репозиториям данных тандемной масс-спектрометрии для протеомики. Но предлагаемые методы часто разработаны с точки зрения масс-спектрометрии, без учета более широкого биологического контекста.

Для решения этой задачи новая работа описывает программный плагин для исследования публичных данных масс-спектрометрии. Разработанный для популярного инструмента Skyline, "Biodiversity Plugin" создан командой под руководством Майкла Г. Дегана и Сэмюэля Х. Пейна из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL) и их коллег из Техасского университета. Основная цель плагина — помочь пользователям найти данные, соответствующие их гипотезам, с помощью интуитивной визуализации, ориентированной на биологические пути.

Плагин поставляется с предустановленными данными из чернового варианта человеческого протеома, а также из PNNL Biodiversity Library — коллекции из 3 миллионов пептидов (230 000 белков) для 112 видов бактерий и архей. После того как пользователь находит релевантные данные, плагин позволяет легко импортировать их в Skyline — стандартный инструмент для дизайна анализов и анализа данных. Плагин также можно настроить для работы с личными данными, которые затем можно просматривать и импортировать в Skyline.