Pytheas: новое ПО для автоматизации анализа РНК ускорит исследования и разработку лекарств

Ученые из Scripps Research представили новое программное обеспечение с открытым исходным кодом для изучения молекул РНК. Приложение Pytheas, описанное 3 мая 2022 года в Nature Communications, ускоряет характеристику и количественный анализ РНК в фундаментальных исследованиях и при разработке лекарств.

Ключевая функция и проблема

Pytheas создан специально для анализа данных РНК, полученных методом масс-спектрометрии. Этот метод часто используется для оценки молекул РНК, которые имеют химические модификации, а не являются простыми цепями стандартных нуклеотидов. До сих пор обработка таких данных была медленной и ручной, в отличие от автоматизированных методов в анализе белков.

Возможности и демонстрация

Приложение, основанное на языке Python, принимает масс-спектрометрические данные образца РНК и выдает предсказанные последовательности РНК и их химические модификации, упрощая и количественный анализ. В демонстрациях исследователи показали, что Pytheas может быстро идентифицировать и количественно определять модифицированные РНК, подобные тем, что используются в мРНК-вакцинах от COVID-19 от Pfizer и Moderna.

Значение и перспективы

• Для науки: Инструмент автоматизирует трудоемкий процесс, модернизируя анализ РНК.
• Для медицины: ПО может быть полезно компаниям, производящим РНК-вакцины и терапевтические средства, для контроля качества продукции.
• Доступность: Pytheas находится в свободном доступе в репозитории Github.

Исследователи уже используют Pytheas в своих работах с природными РНК и продолжают оптимизировать программное обеспечение.