Новый веб-инструмент упрощает предсказание регуляторных сетей у бактерий

Ученые из Фрайбургского университета разработали компьютерную программу для предсказания функций бактериальных регуляторов генов. Онлайн-программа CopraRNA может значительно сократить объем лабораторной работы, так как точно предсказывает, какие бактериальные гены контролируются определенными регуляторами.

В исследовании участвовали группы профессора Вольфганга Гесса (Генетика и экспериментальная биоинформатика) и профессора Рольфа Бакхофена (Биоинформатика, член кластера передовых исследований BIOSS), а также группа профессора Йорга Фогеля из Вюрцбургского университета. Они сравнили регуляторные механизмы родственных бактерий, что легло в основу программы CopraRNA.

Ключевые моменты:

  • CopraRNA упрощает поиск бактериальных регуляторов и сокращает сложные лабораторные тесты.
  • Результаты опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
  • Понимание функций этих регуляторных молекул важно для борьбы с патогенами в медицине и может помочь в биотехнологических проектах.

Особенности исследуемых регуляторов:

  • Изучаемые регуляторы — это не белки, а РНК-молекулы (рибонуклеиновые кислоты).
  • Эти молекулы не кодируют белки, поэтому называются некодирующими РНК (ncRNA).
  • Они играют ключевую роль в сигнальной сети клетки, например, когда бактерия реагирует на внешние стимулы.
  • Регуляторная РНК связывается со множеством различных мишеней в бактериальной клетке, регулируя синтез белка.

Проблема и решение:

  • Тысячи вновь открытых ncRNA действуют как регуляторы в бактериальных системах. Исследование их функций в лаборатории требует больших усилий и множества тестов для определения взаимодействующих генетических последовательностей.
  • Для упрощения этого процесса ученые в рамках совместного проекта "ebio: RNAsys - Systembiologie der RNA" (финансируемого Федеральным министерством образования и научных исследований Германии) разработали программу CopraRNA.

Как работает CopraRNA:

Исследователи могут ввести последовательность РНК трех или более видов бактерий на сайте rna.informatik.uni-freiburg.de/CopraRNA/, чтобы получить информацию об их возможных функциях. Предсказание программы затем необходимо проверить экспериментами в лаборатории.