Структурные характеристики новых вариантов SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 продолжает адаптироваться к популяционному иммунитету и эволюционировать в многочисленные субварианты.

Лаборатория профессора Джорджа Фу Гао в Институте микробиологии Китайской академии наук (IMCAS) раскрыла структуры спайкового (S) белка недавно появившихся вариантов SARS-CoV-2: BA.2.86, JN.1, EG.5, EG.5.1 и HV.1, и провела их систематический сравнительный анализ. Результаты опубликованы в журнале Structure.

Основные выводы:

  • Две ветви эволюции: Варианты, произошедшие от BA.2, разделились на две основные ветви.

    • Ветвь, представленная BA.2.86 и JN.1, с большей вероятностью демонстрирует состояние S-белка с тремя поднятыми рецептор-связывающими доменами (RBD) под индукцией рецептора hACE2.
    • Ветвь, представленная XBB, EG.5 и HV.1, с большей вероятностью показывает состояние "2 RBD вверх, 1 RBD вниз" под индукцией hACE2.

  • Новый сайт гликозилирования: Ветвь BA.2.86 приобрела новое N-гликозилирование в остатке 354 из-за мутации K356T. Этот сайт гликозилирования влияет на связывание с антителами, такими как S309.

  • Изменения поверхности RBD: По сравнению с циркулировавшим в 2022 году штаммом BA.2, поверхность RBD у BA.2.86 и JN.1 показала значительные электростатические изменения, усилившие их ускользание от иммунного ответа.

  • Сравнение BA.2.86 и JN.1:

    • BA.2.86 обладает более высоким сродством к рецептору, чем его потомок JN.1.
    • JN.1 ускользает от большего числа антител.
    • Обратная мутация R493Q в RBD BA.2.86 усиливает связывание с рецептором.
    • Мутация L455S в RBD JN.1 снижает сродство к рецептору.

Исследование подтверждает предыдущую позицию лаборатории: в ходе эволюции вариантов SARS-CoV-2 способность к иммунному ускользанию постепенно усиливается, в то время как способность связываться с рецептором колеблется, оставаясь в умеренном диапазоне (~2 нМ).