Полная карта генома SARS-CoV-2
Исследователи из MIT создали наиболее точную и полную аннотацию генов SARS-CoV-2, используя сравнительную геномику. Результаты опубликованы в Nature Communications.
Сравнительная геномика
Ученые проанализировали геномы SARS-CoV-2, SARS-CoV (2003) и 42 штаммов сарбековирусов летучих мышей. Они использовали вычислительные методы для поиска эволюционно консервативных последовательностей.
Результаты:
- Подтверждены 6 белок-кодирующих генов в дополнение к 5 основным, характерным для всех коронавирусов.
- Обнаружен новый ген ORF3c внутри гена ORF3a (феномен "ген-в-гене").
- Опровергнута белковая природа пяти других предполагаемых генетических регионов.
- "Мы проанализировали весь геном и уверены, что других консервативных белок-кодирующих генов нет", — говорит ведущий автор Ирвин Джангрейс.
Ранее исследователи также представили рекомендации по унификации названий генов SARS-CoV-2 в журнале Virology.
Быстрая эволюция
Проанализировано более 1800 мутаций, возникших в SARS-CoV-2 с начала пандемии. Ученые сравнили скорость эволюции генов в долгосрочной перспективе и в текущей пандемии.
Ключевое открытие: Наиболее ускоренная эволюция обнаружена в регионе нуклеокапсидного белка, который является мишенью для B-клеток человека. "Мы предполагаем, что варианты, которые мутируют в этой области, лучше уклоняются от иммунной системы человека", — говорит старший автор Манолис Келлис.
Также проанализированы мутации в вариантах, вызывающих озабоченность (B.1.1.7, P.1, B.1.351). Данные сравнительной геномики помогают выделить среди множества мутаций те, что, вероятно, функционально значимы.
Все аннотированные гены и классификации мутаций доступны в Genome Browser Калифорнийского университета в Санта-Крузе.