Next Generation TimeTree: Расширенная история жизни на Земле под рукой
Ученые из Университета Темпл Судир Кумар и С. Блэр Хеджес из Института геномики и эволюционной медицины (iGEM) давно стремятся создать удобные инструменты, чтобы сделать эволюцию доступной для всех — от ведущих ученых до школьников.
За семь лет с момента первого релиза их веб-ресурс TimeTree стал широко используемым источником в эволюционной биологии, обработав более 250 000 запросов от пользователей по всему миру.
Современная эпоха глобального древа жизни наступила благодаря повсеместному использованию секвенирования ДНК нового поколения, генерирующего миллионы последовательностей, которые хранятся в национальных генетических репозиториях. Это результат пяти десятилетий усилий по определению молекулярного времени и дивергенции видов на основе сходств и различий в случайных, часто единичных мутациях ДНК, накопленных за эоны.
Новое поколение веб-ресурса TimeTree помогает осмыслить эти данные. Он представляет историю жизни на Земле, объединенную с возможностью быстрого анализа пяти десятилетий эволюционных данных секвенирования и исследований.
Обновленный ресурс представляет собой бесплатный веб-сайт нового поколения с расширенными функциями. TimeTree не только предоставляет доступ к опубликованным молекулярным данным из 3000 исследований, охватывающих 97 000 видов, но и сочетает их с:
- Встроенными геологическими шкалами времени.
- Данными об экологических и климатических эпохах.
- Информацией об интенсивности солнечного излучения.
- Данными о космических столкновениях, например, мощных астероидных бомбардировках.
«Огромный объем научных знаний о времени дивергенции видов оставался неиспользованным большинством ученых и широкой публикой. Наш ресурс TimeTree разрушает этот барьер», — говорит Кумар.
Пользователи могут:
- Сравнить время дивергенции любых двух видов (режим Nodetime).
- Впервые увидеть временное древо для групп видов (режим Timetree).
- Проследить эволюцию вида во времени (режим Timeline).
«Мы надеемся, что эти расширенные функции, совмещенные с визуализацией событий в истории Земли, приведут к новым открытиям в истории жизни и лучшему пониманию взаимосвязи изменений в биосфере с разнообразием видов», — говорит Хеджес.
Обновленная версия TimeTree делает эволюционную биологию еще более доступной для всех — от экспертов до гражданских ученых.
Ресурс нового поколения TimeTree общедоступен онлайн по адресу http://www.timetree.org (для ПК и мобильных устройств). Упрощенное приложение для iPhone доступно в AppStore (по запросу "TimeTree").