Grasping the tree of life: There is an app for that, too

Инновационное приложение TimeTree позволяет любому владельцу iPhone (а также iPad и iPod Touch) исследовать эволюционное древо жизни. Бесплатное приложение можно скачать в Apple Store.

Приложение использует обширную базу данных о живых организмах — от грибов до собак — чтобы быстро и авторитетно ответить на ключевой вопрос: когда виды A и B имели общего предка?

Проект создан Судиром Кумаром из Университета Аризоны и Блэром Хеджесом из Университета Пенсильвании. Они объясняют, что древо жизни состоит из двух компонентов:

  • Филогения — показывает ветвления между видами.
  • Временная шкала — показывает, когда виды возникли.

Их сочетание даёт timetree (временное древо) — мощный инструмент для понимания взаимосвязей и разнообразия жизни. Такие древa используются в эволюционной биологии, медицине (для отслеживания болезней), климатологии и астробиологии.

Как это работает

Пользователь вводит названия двух организмов (например, меч-рыба и сардина). Приложение за секунды ищет в своей базе и выдаёт результат: эти виды разделились около 245 миллионов лет назад. На экране отображается геологическая шкала времени с отметками исследований, на которых основан вывод.

Масштаб проекта

Глобальная цель инициативы Timetree of Life — определить временную шкалу всей жизни, вплоть до её зарождения ~4 млрд лет назад. Первая фаза проекта была представлена в 2009 году:

  • Онлайн-ресурс TimeTreeWeb (timetree.org).
  • Книга "The Timetree of Life" (Oxford University Press), написанная 105 экспертами.

Приложение, как и веб-ресурс, использует таксономическую базу Национального центра биотехнологической информации (NCBI), содержащую данные о более чем 160 000 организмов.

Преимущества и динамика

TimeTree — это публичная база знаний, которая:

  • Агрегирует тысячи данных о времени расхождения видов из рецензируемой литературы.
  • Динамически обновляется по мере появления новых исследований и уточнения методов датирования.
  • Даёт доступ к графической информации (таблицам, древaм), ранее "запертой" в научных статьях.
  • Активно использует метод "молекулярных часов" (оценка времени по генным мутациям), что позволяет датировать виды без детальной летописи окаменелостей.

Хеджес и Кумар отмечают, что построение временного древа жизни ещё в зачаточном состоянии, и миллионы видов ждут своего представления. Однако новое приложение уже позволяет каждому исследовать эту область и найти своё место на древе жизни.

2010-09-20