RNAcentral — единая точка доступа к данным о некодирующих РНК

Сегодня Консорциумом RNAcentral запущен первый унифицированный ресурс для всех типов данных о некодирующих РНК. Он агрегирует информацию из федерации экспертных баз данных и предоставляет инструменты для удобного просмотра. Первоначальный выпуск RNAcentral содержит около 8 миллионов последовательностей.

Долгое время РНК считалась промежуточной молекулой, связывающей стабильную ДНК и белки. Однако за последнее десятилетие стало ясно, что РНК играет гораздо более широкий спектр ролей в живых организмах. До сих пор эти данные не были собраны в одном месте.

До RNAcentral поиск РНК, кодируемых конкретным геномом, требовал получения информации из нескольких независимых ресурсов, например, miRBase для микроРНК и HAVANA для длинных некодирующих РНК (lncRNAs).

«Опубликовано множество данных о некодирующих РНК, но каждый подтип поддерживается отдельно, — объясняет Алекс Бейтман из EMBL-EBI. — Впервые у нас появилось центральное место, где можно найти всё: piRNAs, рибосомные РНК и всё остальное. Много этой информации обычно было скрыто в дополнительных материалах или упоминалось только под нестандартным названием гена. RNAcentral — большой шаг к тому, чтобы сделать последовательности РНК такими же легкодоступными для исследований, как и последовательности белков».

RNAcentral 1.0 предоставляет доступ к данным из десяти различных экспертных баз данных и присваивает стабильные идентификационные номера (accession numbers), которые можно последовательно использовать в литературе, других молекулярных базах данных и поисковых системах. На сайте RNAcentral реализован фасетный поиск, позволяющий пользователям исследовать различные последовательности РНК по источнику, виду и молекулярной функции. Ожидается, что в будущих выпусках будут включены дополнительные экспертные базы данных.

Консорциум RNAcentral зародился на семинаре 2010 года в Wellcome Genome Campus, где члены научного сообщества обсуждали отсутствие централизованного доступа к данным РНК.

«Очень приятно видеть, как этот проект воплощается в жизнь, — говорит Сэм Гриффитс-Джонс из Манчестерского университета. — Рост информации о последовательностях и функциях некодирующих РНК феноменален и не показывает признаков замедления, и никогда не было большего спроса на универсальный ресурс для этих данных. Сотрудничество членов консорциума RNAcentral для создания этого ресурса представляет собой огромный шаг вперед для области РНК».

Благодаря финансированию Совета по биотехнологическим и биологическим исследованиям Великобритании (BBSRC), партнерские институты по всему миру смогли объединиться и создать практическое решение общей проблемы.

Будущие версии RNAcentral будут включать дополнительные типы данных и информацию о структуре РНК, модификациях, молекулярных взаимодействиях и функциях. Статья, подробно описывающая инструменты и особенности RNAcentral, принята к публикации в журнале Nucleic Acids Research.