Разработана интерактивная база данных TransCirc для переводимых циркулярных РНК

Учёные создали специализированную базу данных TransCirc, опубликованную в Nucleic Acids Research. Она предоставляет комплексные доказательства трансляционного потенциала циркулярных РНК (circRNA).

Проблема: Хотя высокопроизводительное секвенирование выявило множество circRNA, идентификация кодируемых ими белков затруднена из-за сильного перекрытия последовательностей с линейными мРНК того же гена. Специализированной базы данных для переводимых circRNA не хватало.

Решение: Исследователи из CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology и Шанхайского института питания и здоровья (SINH) Китайской академии наук разработали TransCirc.

Ключевые особенности базы:

• Содержит информацию о ~300 000 circRNA человека.
• Интегрирует семь типов доказательств их трансляции из опубликованных данных (мульти-омикс).
• Включает поисковую систему, визуализацию и аналитические инструменты.
• Показывает потенциальные продукты трансляции и регуляторные элементы (например, IRES-подобные последовательности).

Контекст и значение:

• Некоторые цитоплазматические circRNA могут транслироваться в пептиды, особенно при клеточном стрессе.
• Кодируемые circRNA белки могут играть ключевую роль, например, в росте раковых клеток.
• circRNA более стабильны, чем линейные РНК, и могут конкурировать с ними, регулируя экспрессию генов.

База данных TransCirc призвана облегчить дальнейший анализ функций circRNA и ускорить идентификацию их белковых продуктов. Доступ к данным свободный.