Metascape: новый веб-портал для анализа больших биологических данных

Для современных биологов масштабные OMICS-исследования, которые картируют все гены, белки, РНК и другие компоненты биологической системы, стали стандартным инструментом. Однако интерпретация этих больших данных для получения значимой информации остается сложной задачей, требующей sophisticated инструментов и высококвалифицированных специалистов по вычислительной биологии. Этот процесс может быть дорогим и занимать от нескольких дней до недель даже для экспертов.

Ученые из Sanford Burnham Prebys, Genomics Institute of the Novartis Research Foundation (GNF) и Калифорнийского университета в Сан-Диего представили открытый веб-портал Metascape. Он интегрирует более 40 продвинутых биоинформатических источников данных, позволяя не-техническим пользователям получать аналитическую информацию в один клик. Платформа описана в журнале Nature Communications.

Как работает Metascape

• Интегрирует и анализирует информацию из более чем 40 популярных открытых баз данных, охватывающих 10 распространенных модельных организмов.
• Генерирует простой для интерпретации отчет примерно за минуту (для больших наборов данных может потребоваться больше времени).
• Предлагает два режима: базовый анализ (использует общепринятые практики) и продвинутый анализ (позволяет контролировать индивидуальные настройки).
• Автоматически создает презентацию PowerPoint, документ Excel и дополнительные визуальные инструменты для представления результатов.
• Для актуальности данных используется двухфазный подход: автоматический сбор данных роботом с последующим ручным контролем качества.

В статье возможности платформы продемонстрированы на примере трех ранее опубликованных генетических скринингов гриппа (flu), направленных на поиск факторов, участвующих в репликации вируса.

Значение и перспективы

По словам авторов, Metascape уже помог в анализе и интерпретации больших OMICS-наборов данных в более чем 330 опубликованных научных исследованиях. Ученые считают, что благодаря простоте использования платформа станет незаменимым инструментом в эпоху больших данных.

В будущем команда планирует использовать искусственный интеллект и машинное обучение, чтобы Metascape могла раскрывать больше нюансов в данных и помогать исследователям лучше определять приоритетные направления для своих работ.