MetaPhiAn: новый инструмент для быстрого анализа микробных сообществ
Команда исследователей разработала инструмент MetaPhiAn (метагеномный филогенетический анализ), который позволяет за считанные часы профилировать метагеном крупных микробных сообществ, например, населяющих кишечник человека. Ранее аналогичные расчёты занимали месяцы даже на суперкомпьютере. Разработка описана в журнале Nature Methods.
Значение для науки и медицины
- MetaPhiAn впервые даёт научному сообществу инструмент для точного определения того, какие бактерии присутствуют в кишечнике.
- Это открывает путь к исследованиям роли каждого микроорганизма в здоровье человека.
- Инструмент уже используется для построения профиля разнообразных кишечных бактерий и может помочь в изучении причин таких заболеваний, как болезнь Крона и диабет.
Масштаб задачи
Задача остаётся колоссальной:
- В организме человека бактерий примерно в 10 раз больше, чем собственных клеток.
- Идентификация — лишь первый шаг. Далее необходимо изучить функцию каждого вида.
- Особую сложность представляют бактерии, которые полезны для большинства людей, но вызывают проблемы у отдельных индивидуумов. Понимание таких случаев может зависеть от выявления всего состава сообщества, где скорость MetaPhiAn будет ключевым преимуществом.
Исследователи отмечают, что работа не вслепую: уже есть представление о том, какие типы бактерий следует изучить в первую очередь, и известны некоторые вредоносные виды.