eSPC: онлайн-платформа для анализа данных молекулярной биофизики
Команда EMBL Hamburg под руководством Марии Гарсиа Алай выпустила бесплатную онлайн-платформу eSPC для анализа данных молекулярной биофизики. Инструмент позволяет учёным по всему миру легко анализировать свои данные, не посещая лабораторию, где они были получены.
Понимание биофизических аспектов молекулярных взаимодействий (например, их силы и динамики) критически важно в структурной биологии, биомедицине и биотехнологии. Такие анализы помогают, в частности, идентифицировать наиболее эффективные кандидаты в лекарства.
Учёные проводят биофизические анализы на специализированных установках, таких как Sample Preparation and Characterisation (SPC) Facility в EMBL Hamburg. Однако данные часто можно было анализировать только с помощью ПО, привязанного к оборудованию и самой установке, что требовало физического присутствия пользователей.
«Работа из дома мобилизовала нас на создание платформы анализа eSPC и решение этой проблемы раз и навсегда», — сказала Мария Гарсиа Алай, руководитель группы и глава SPC Facility.
Платформа позволяет пользователям загружать и анализировать исходные данные, полученные несколькими экспериментальными методами:
Steady-state fluorescence spectroscopy
Microscale thermophoresis
Differential scanning fluorimetry
Она состоит из трёх модулей:
- FoldAffinity — количественно оценивает, как взаимодействие двух молекул может их дополнительно стабилизировать.
- MoltenProt — помогает оценить, насколько стабилен белок в различных условиях.
- ThermoAffinity — определяет, насколько сильно две молекулы (например, белок и лекарство) связываются друг с другом.
«Мы хотели, чтобы этот инструмент был доступен всему научному сообществу для продвижения научных открытий», — пояснила Гарсиа Алай.
Платформа была протестирована пользователями. Исследователь из Университета Монаша (Австралия) Франческа Шорт использовала FoldAffinity для изучения того, как различные молекулы связываются с бактериальными белками, способствующими устойчивости к антимикробным препаратам.
Перспективы: стипендия ARISE для расширения сотрудничества
Положительные отзывы побудили команду Гарсиа Алай задуматься о расширении платформы. Для этого в рамках программы ARISE (первой стипендии для обучения разработчиков технологий в науках о жизни) в команду был принят Освальдо Бурастеро.
Часть своей стипендии Бурастеро проведёт в Институте Пастера, где получит практический опыт работы с новыми методами. Эти знания он будет использовать для разработки новых модулей платформы.
«Для меня это отличная возможность... Я надеюсь, что мы сможем предоставить платформу анализа данных, которую другие исследовательские инфраструктуры для биофизики молекулярного масштаба будут рекомендовать своим пользователям», — сказал Бурастеро.
Усилия SPC Facility по удовлетворению потребностей научного сообщества — пример миссии EMBL по предоставлению научных услуг. Хотя SPC Facility в основном поддерживает структурных биологов, eSPC может служить мостом для взаимодействия с другими научными областями, способствуя междисциплинарным исследованиям.