Следующее поколение метагеномики: Возможности и вызовы

Новый экспертный обзор освещает возможности и методологические вызовы на этом критическом этапе развития области метагеномики. Метод, имеющий важное значение для клинической медицины, общественного здравоохранения, биологии и экологии, выигрывает от развития высокопроизводительных технологий, но сталкивается с проблемами хранения и анализа больших данных. Обзор опубликован в рецензируемом междисциплинарном журнале OMICS: A Journal of Integrative Biology.

Авторы статьи "Next Generation Metagenomics: Methodological Challenges and Opportunities" — Илария Лаудадио, Валерио Фульчи, Лаура Стронати и Клаудия Кариссими из Университета Сапиенца (Рим, Италия). Метaгеномика позволяет изучать генетический состав микробных сообществ в образцах окружающей среды, человеческого организма и других источниках.

В обзоре выделены основные узкие места в текущем дизайне экспериментов, а также в представлении и анализе данных. Авторы обсуждают различия между прежними подходами на основе shotgun-секвенирования и более современными технологическими разработками, такими как метагеномика отдельных клеток. Особое внимание уделяется прогрессу в интригующей области функциональной метагеномики.

Подчеркивается необходимость большей стандартизации для корректного сравнения данных, полученных разными исследовательскими группами.

Главный редактор журнала OMICS Вурал Оздемир отмечает: «Метагеномика — это сложный пример того, что омиксные и системные науки предлагают как здоровью человека, так и планеты. Этот обзор — ценный и своевременный ресурс для тех, кто хочет быстро понять нюансы метагеномики».