MarkerMiner 1.0: Простая биоинформатическая платформа для анализа ДНК покрытосеменных растений

Биолог из Университета Флориды (UF) Шрикар Чамала с коллегами разработал программу MarkerMiner для ускорения прогресса в филогенетике покрытосеменных (цветковых) растений. Существует более 300 000 видов покрытосеменных, и многие эволюционные детали внутри этой группы остаются неизвестными.

Как работает MarkerMiner

Программа фильтрует большие объёмы данных собранных транскриптомов (кодирующей части генома), чтобы идентифицировать одно-копийные ядерные локусы, используя информацию о консервативных генах с низкой копийностью из секвенированных геномов покрытосеменных. Поскольку дупликации генов у покрытосеменных происходят очень часто, предполагаемый одно-копийный статус генов, которые находит MarkerMiner, делает их отличными генетическими маркерами для разрешения филогении.

Преимущества платформы

MarkerMiner устраняет ограничения, связанные со стоимостью, временем и сложностью анализа генетических данных, предоставляя простую в использовании платформу. Исследователи по всему миру с ограниченной биоинформатической подготовкой и доступом к высокопроизводительным вычислениям могут использовать её для получения филогенетических маркеров для любой интересующей группы покрытосеменных.

Практическое применение

• В тестовом исследовании, описанном в Applications in Plant Sciences, были успешно идентифицированы сотни одно-копийных ядерных локусов из четырёх разных групп цветковых растений.
• Исследователь из Смитсоновского института использует MarkerMiner для филогеномного анализа фазеолоидных бобовых (содержащих сою и фасоль).
• Учёный из Оберлин-колледжа применяет программу для разработки локусов для многолокусной филогеографии растений-гипсофитов пустыни Чиуауа.

Пользовательское руководство и исходный код программы находятся в открытом доступе. MarkerMiner может сделать исследования в области экологии, эволюции, систематики, филогеографии и биологии популяций покрытосеменных более эффективными и экономичными.