Новый биоинформатический инструмент значительно сокращает время анализа множественных геномов
Коллаборация учёных из Великобритании разработала новый биоинформатический конвейер, позволяющий автоматизировать дизайн праймеров для множественных видов геномов, что значительно сокращает время анализа.
Ключевой аспект селекции растений — использование достижений геномики для отбора особей с желаемыми признаками, такими как высокая урожайность или устойчивость к болезням. Однако большинство инструментов для анализа ДНК разработаны для диплоидных организмов (с одним набором хромосом) и плохо работают с полиплоидными видами, такими как хлебная пшеница (Triticum aestivum L.), у которой несколько наборов хромосом.
Учёные из The Genome Analysis Centre (TGAC) и John Innes Centre создали биоинформатический конвейер PolyMarker, который облегчает дизайн геном-специфичных праймеров для полиплоидных видов. Эти праймеры можно использовать, чтобы определить, есть ли у организма генетические вариации, связанные с определённым признаком.
Как инструмент с открытым доступом, PolyMarker позволяет исследователям загружать свои данные и получать предложенные варианты праймеров для выявления генетических вариаций, маркирующих важные признаки в образцах культур. Время дизайна значительно сокращается по сравнению с ручным методом.
«Процесс ручного дизайна праймеров для валидации в гексаплоидной пшенице занимает много времени. С PolyMarker мы сократили время дизайна примерно с недели до двадцати минут», — заявил ведущий автор Рикардо Рамирес-Гонсалес.
PolyMarker уже доказал свою ценность, использовавшись в исследовательском проекте по идентификации генетических маркеров устойчивости к патогену жёлтой ржавчины пшеницы (Puccinia striiformis f. sp. tritici).
Инновационный онлайн-инструмент был использован для генерации предполагаемых KASP-проб для 820K маркеров, разработанных проектом CerealsDB, а также для дизайна проб для набора маркеров 90K iSelect.
Статья «PolyMarker: A fast polyploid primer design pipeline» опубликована в журнале Bioinformatics.