Геном атлантического лосося близок к завершению

Международное сотрудничество по секвенированию генома атлантического лосося (ICSASG) заключило контракт Фазы II на секвенирование нового поколения и анализ генома атлантического лосося с Институтом Дж. Крейга Вентера (JCVI). JCVI будет секвенировать геном с использованием технологий нового поколения, включая сборку для интеграции данных Сэнгера и секвенирования нового поколения, а также сравнительную геномику. Ожидается, что результатом станет высококачественный ресурс для управления дикими популяциями лосося и для аквакультуры, а также референсный геном для работы с другими лососевыми.

Сотрудничество было создано в 2009 году как партнерство между Исследовательским советом Норвегии, Норвежским исследовательским фондом рыболовства и аквакультуры, Genome British Columbia и Чилийским агентством экономического развития (CORFO). Группа объединяет экспертов-биологов, изучающих лососевых, с коммерческими и государственными агентствами, заинтересованными в финансировании исследований.

«Полностью аннотированный геном лосося предоставит важную информацию о влиянии сбежавших выращенных рыб на дикие популяции, о сохранении популяций, находящихся под угрозой, о стратегиях борьбы с патогенами и о проблемах экологической устойчивости», — говорит председатель ICSASG д-р Стейнар Бергсет.

«Геном лосося велик и содержит повторяющиеся последовательности, что делает его более сложным для сборки. В сотрудничестве с ICSASG мы дополним данные Фазы I данными секвенирования нового поколения, чтобы получить максимально полный геном лосося», — говорит д-р Джейсон Миллер из JCVI.

Мировое коммерческое производство лосося превышает один миллиард фунтов в год, причем около 70% приходится на аквакультурные фермы. Помимо экономической важности, лосось и другие виды лососевых, такие как форель, считаются «видами-индикаторами» для мониторинга качества воды и являются важными маркерами в экотоксикологических исследованиях.