Учёные нашли «уязвимые участки» на ключевом белке коронавируса с помощью компьютерного моделирования

Исследователи использовали компьютерное моделирование, чтобы выявить потенциальные «уязвимые участки» на ключевом белке коронавируса — основном протеазе. Это открывает путь для разработки новых лекарств.

При вторжении в клетки хозяина коронавирус SARS-CoV-2 использует множество биомолекул. Одна из них — компактный белок, «основная протеаза», чья функция критически важна для вируса.

Учёные из Йоркского университета проанализировали структуру протеазы с помощью вычислительного моделирования, симулируя движения белка.

Новые лекарства

Модель эффективна, так как даёт общее представление о структуре белка. Она указывает на участки белка, которые могут быть доступны для воздействия новыми препаратами.

Эта методика может быть использована для поиска «уязвимых» участков для ингибирования и в других белках, включая прочие белки SARS-CoV-2.

Исследование, проведённое профессором Томом Маклишем и Игорем Дубаневичем, опубликовано в Journal of the Royal Society Interface.

Белок-«шип»

Профессор Маклиш пояснил, что это исследование не связано с текущими вакцинами, нацеленными на белок-«шип» (Spike), а изучает другой ключевой белок в процессе COVID-19.

Он добавил: «Оно более актуально для потенциальных будущих лекарств, чем для вакцин, поскольку выявленные движения белка указывают на новые «участки», где связывание с малыми молекулами может нарушить его функцию.

Преимущество этих участков и нашего метода в целом в том, что это не «очевидные» сайты, конкурирующие с нормальным связыванием белка, а другие сайты, доступные даже когда обычные участки связывания заняты».

Моделирование

Игорь Дубаневич добавил: «Мы выявили перспективные участки для воздействия лекарствами в основной протеазе с помощью компьютерного моделирования, и некоторые из них уже подтверждены новейшими исследованиями других групп.

Следующий логический шаг — исследовать выявленные участки с помощью биологических экспериментов в лаборатории».