Исследователь использует суперкомпьютеры для изучения "шиповидного" белка коронавируса

Профессор Майкл Х. Питерс, Ph.D., использует мощные суперкомпьютеры в Исследовательском центре NASA Ames в Калифорнии для изучения "шиповидного" белка нового коронавируса, вызывающего COVID-19.

С помощью сложного компьютерного моделирования он пытается определить механизм действия этого белка, который играет ключевую роль в прикреплении к клеткам человека и заражении организма. Учёный выявил возможный фактор, способный ограничить важное действие этого ключевого белка.

Питерс и его бывший аспирант, а ныне постдокторант Оскар Бастидас, Ph.D., изучают динамику перехода шиповидного белка между активным и неактивным состояниями. Рецептор-связывающий домен белка имеет "поднятое" положение, в котором он может связываться с молекулами эпителиальных клеток, и "опущенное" положение, в котором связывание, по-видимому, невозможно.

"Удивительно, что поднятая конфигурация домена молекулярно привязана к основной структуре белка, как привязанный воздушный шар. Есть две молекулярные привязи, которые стабилизированы так называемыми структурными мотивами бета-тяжей в центральной части белка", — пояснил Питерс.

Учёные провели картирование полной атомной биомолекулярной динамики всего шиповидного белка и считают, что обнаружили возможную молекулярную "защёлку", которая помогает удерживать белок в опущенном состоянии.

Питерс получил доступ к суперкомпьютерам через Консорциум высокопроизводительных вычислений для COVID-19 в рамках Extreme Science and Engineering Discovery Environment. Консорциум является государственно-частным партнёрством, включающим Управление по научно-технической политике Белого дома и крупные технологические корпорации.

"Шиповидный белок — настоящий гигант среди белков, и атаковать его без лучших компьютеров сложно. Нам нужно как можно быстрее собирать разведданные и планировать атаки", — сказал исследователь.