Атлас клеток представлен на встрече ASCB 2016
После завершения проекта по расшифровке генома человека в 2001 году был достигнут новый крупный вехой — запуск Атласа клеток на встрече Американского общества клеточной биологии (ASCB) 2016 года в Сан-Франциско. Эта открытая интерактивная база данных с изображениями беспрецедентно высокого разрешения впервые визуализирует расположение более 12 000 белков в клетках. Это открывает путь для «пространственной протеомики» — новой многообещающей дисциплины, которая, как ожидается, фундаментально расширит наше понимание здоровья и болезней человека.
Профессор Королевского технологического института (KTH) Матиас Улен, директор проекта «Атлас белков человека», поясняет: «После проекта по геному, который охарактеризовал количество генов, кодирующих белки человека, следующим шагом является выяснение функции этих белков. Возможность показать местоположение человеческих белков во времени и пространстве с субклеточным разрешением — это важный первый шаг к получению новых знаний об их функции».
Атлас клеток, являющийся частью шведской инициативы «Атлас белков человека», содержит изображения клеток, окрашенных методом иммунофлуоресценции, в высоком разрешении и в нескольких цветах. Сопоставив более 12 000 человеческих белков с 30 различными клеточными структурами, Атлас предоставляет пространственную информацию о паттернах экспрессии белков на детальном субклеточном уровне. Анализ выявил удивительно сложную клеточную архитектуру: более половины всех белков локализованы в нескольких компартментах. Кроме того, значительная часть белков продемонстрировала вариабельность экспрессии на уровне отдельных клеток.
В новом подходе проект также привлек на помощь онлайн-геймеров. Компании CCP Games, Massively Multiplayer Online Science (MMOS), Университет Рейкьявика и команда Атласа клеток совместно разработали мини-игру «Project Discovery» для игроков EVE Online. Доцент KTH и директор Атласа клеток Эмма Лундберг говорит: «В любое время и в любом месте в EVE Online игроки могут запустить мини-игру Project Discovery и классифицировать паттерны экспрессии белков из изображений Атласа клеток по разным категориям органелл. Это помогло нам в классификации субструктур органелл и уточнении деталей в Атласе клеток».
«В частности, мы ожидаем, что Атлас клеток сыграет ключевую роль в новой захватывающей области пространственной протеомики. Для расширения нашего понимания работы человеческих клеток с целостной точки зрения, особенно в контексте здоровья и болезней, необходимы детальные знания о лежащей в основе молекулярной системе», — добавляет Лундберг.