Древние микробиомы кишечника рассказали об истории вымерших микробов

Вымершие микробы из образцов фекалий с археологических памятников по всему миру больше похожи на микробиом современных сельских сообществ Африки, чем на микробиом кишечника взрослых жителей США. К такому выводу пришло исследование, опубликованное 12 декабря в открытом журнале PLOS ONE.

Изучение древних образцов

Учёные проанализировали образцы возрастом 1400–8000 лет, сохранившиеся на трёх памятниках:

• естественные мумии из Касеронес на севере Чили,
• образцы из пещеры Хайндс на юге США,
• образцы из Рио-Сапе на севере Мексики.

Также были использованы образцы от Эци (ледяной мумии человека эпохи халколита) и солдата, замороженного в леднике почти на век.

Сравнение с современными сообществами

Исследователи сравнили вымершие микробы из этих образцов с микробами из современных почвы и компоста, а также с микробиомами полости рта, кишечника и кожи людей из сельских африканских сообществ и жителей США.

Ключевые результаты

• Вымершие микробы из естественных мумий были больше всего похожи на образцы из компоста.
• Один образец из Мексики совпал с образцом ребёнка из сельской местности Африки.
• В целом, вымершие микробные сообщества были более схожи с современными сельскими популяциями, чем с городскими.

Вывод

Исследование заключает: «Эти результаты позволяют предположить, что современный космополитичный образ жизни привёл к драматическим изменениям в микробиоме кишечника человека».

Как поясняет автор Сесил Льюис, современные асептические и антибиотические практики часто полезны, но имеют свою цену, например, нарушая естественное развитие нашей иммунной системы через изменение отношений с микробами, которые были у наших предков. Эта работа показывает, что, несмотря на проблемы деградации и контаминации, древние биологические образцы можно использовать для изучения этих исконных взаимоотношений.