Исследование: бактериальная экология человека изменилась за последние 100 лет

Исследование под руководством Университета Оклахомы показало, что древнюю ДНК можно использовать для изучения древних микробиомов человека. Эти данные имеют важное значение для понимания недавних изменений в здоровье человека, например, какие полезные бактерии могли быть утрачены из-за широкого использования антибиотиков и асептических практик.

Профессор антропологии Сесил М. Льюис-младший и научный сотрудник Рауль Тито проанализировали данные микробиома из древних образцов фекалий человека, собранных на трёх археологических памятниках в Америке возрастом более 1000 лет. Также команда провела новый анализ опубликованных данных по двум уникальным образцам: Этци (ледяной человек) и солдату, пролежавшему в леднике 93 года.

Результаты подтверждают гипотезу, что древние микробиомы кишечника человека больше похожи на микробиомы нечеловеческих приматов и сельских сообществ, не относящихся к западной цивилизации, чем на микробиомы современных жителей США. Команда пришла к выводу, что последние 100 лет стали периодом серьёзных изменений микробиома кишечника в урбанизированных районах.

"Изменения в питании, а также широкое внедрение различных асептических и антибиотических практик в основном принесли пользу современным людям, но многие исследования показывают, что за это пришлось заплатить, например, недавним ростом рисков, связанных с аутоиммунными заболеваниями, и других проблем со здоровьем", — заявляет Льюис.

Изучение древних микробиомов дополняет исследования удалённых сообществ и приматов, но связано с проблемами: возможным загрязнением образцов из почвы или лаборатории. В исследовании, помимо лабораторного контроля, использовался новый количественный подход — source tracking, который оценивает, какая часть данных древнего микробиома соответствует кишечнику человека, а не другим источникам, например, почве.

"Мы обнаружили, что некоторые образцы имеют отличные сигнатуры микробиома кишечника, что открывает путь для более глубокого анализа, включая лучшее понимание самих древних людей, например, их болезней, а также того, что изменилось в нашем кишечнике сегодня", — объясняет Льюис.