Сравнение трёхмерной структуры хромосом у хищников

Новое исследование Калифорнийского университета в Дэвисе показывает, как трёхмерная архитектура хромосом связана у нескольких видов хищников. Работа, опубликованная 21 февраля в Proceedings of the National Academy of Sciences, предлагает новый подход «сравнительного скаффотипирования» для идентификации родственных генов у разных видов и определения их контекста.

Метод и объекты исследования

Исследователи использовали метод Hi-C (секвенирование захвата конформации хроматина) для определения трёхмерной формы участков хромосом у 11 видов хищников из трёх семейств:

Данные были получены из проекта Vertebrate Genomes Project, связанного с Earth BioGenome Project.

Ключевые результаты

Анализ Hi-C на уровне компартментов хромосом показал, какие гены физически близки друг к другу в трёхмерном пространстве ядра клетки. Эта близость может влиять на включение или выключение генов.

Было обнаружено, что для ортологичных генов (родственных по происхождению) трёхмерные структуры хроматина были высоко консервативны как внутри, так и между тремя семействами хищников, несмотря на 50 миллионов лет эволюции и хромосомные перестройки. Это указывает на то, что данные гены кодируют важные функции генома.

Значение работы

Предложенный подход «сравнительного скаффотипирования» может облегчить идентификацию родственных генов у разных групп животных и растений и определение их правильного контекста. Исследование также демонстрирует потенциал крупных коллекций геномов, таких как Vertebrate Genomes Project и Earth BioGenome Project.