Историческая предвзятость игнорирует гены, связанные с COVID-19
По данным полногеномных экспериментов, в организме человека 2064 гена, имеющих отношение к COVID-19. Почему же исследователи изучают только 611 из них?
Историческая предвзятость, которая долгое время определяла, какие человеческие гены изучаются, теперь влияет на то, как биомедицинские исследователи изучают COVID-19, согласно новому исследованию Северо-Западного университета.
Хотя биомедицинским исследователям известно, что многие упускаемые из виду гены играют роль в COVID-19, в настоящее время они их не изучают. Вместо этого исследователи COVID-19 продолжают фокусироваться на генах, которые уже были тщательно исследованы независимо от коронавирусов.
"По понятным причинам исследователи склонны опираться на существующие знания и инструменты. Они, по-видимому, выбирают гены для изучения исходя из удобства экспериментов, а не их конечной значимости для болезни", — сказал Томас Штёгер, соавтор исследования. "Это означает, что исследования COVID-19 концентрируются лишь на небольшом подмножестве генов, вовлечённых в ответ на вирус. Следовательно, многие аспекты реакции клеток человека на COVID-19 остаются непонятыми".
"Есть много генов, связанных с COVID-19, но мы не знаем, что они делают в контексте этой болезни", — добавил Луис Амарал, соавтор исследования. "Мы не изучали эти гены до пандемии, и COVID-19, похоже, не стал стимулом для их исследования".
Исследование будет опубликовано 24 ноября в журнале eLife.
Выявление исторической предвзятости
Это исследование основано на работе Штёгера и Амарала 2018 года, в которой впервые объяснялось, почему одни гены изучаются чаще других. В той работе они обнаружили, что 30% всех генов никогда не изучались, а менее 20% генов являются предметом более 90% опубликованных статей.
Несмотря на растущую доступность новых методов изучения генов, исследователи продолжают изучать небольшую группу генов, исследуемых с 1980-х годов. Исторически эти гены было легче исследовать экспериментально. Например, если у животной модели есть ген, похожий на человеческий, исследователи с большей вероятностью будут изучать именно его.
Хотя проект "Геном человека" (идентификация и картирование всех генов, завершённый в 2003 году) был направлен на расширение области научных исследований за пределы этого небольшого подмножества, он ещё не выполнил эту задачу.
"Предвзятость в сторону изучения одних и тех же генов очень высока", — сказал Амарал. "Вся система противоречит самой цели агентств и научного познания — расширить набор изучаемых и понимаемых явлений. Нам нужно приложить согласованные усилия, чтобы стимулировать изучение других генов, важных для здоровья человека".
Предвзятость сохраняется в эпоху COVID-19
Для нового исследования Штёгер и Амарал обратились к LitCOVID — коллекции публикаций, связанных с COVID-19, курируемой Национальной медицинской библиотекой США. LitCOVID помечает гены, упомянутые в заголовках, аннотациях или разделах результатов публикаций.
Исследователи проанализировали 10 395 опубликованных статей и препринтов из коллекции. Затем они интегрировали их в собственную базу данных вместе с более чем 100 различными биологическими и библиометрическими базами данных, чтобы изучить и измерить все аспекты биомедицинских исследований. Наконец, они сравнили гены, упомянутые в статьях о COVID-19, с генами, связанными с COVID-19, идентифицированными в четырёх полногеномных исследованиях.
Штёгер и Амарал также отслеживали появление генов в литературе о COVID-19 с течением времени. К удивлению, они обнаружили, что исследования генов COVID-19 становятся не более, а менее обширными с начала пандемии.
"Наши выводы имеют прямое значение для долгосрочного планирования научных политиков", — сказал Штёгер. "Мы можем направить исследователей к генам, важным для клеточного ответа против вирусов, но рискующим быть проигнорированными из-за исторически сложившихся предубеждений, которые культурно закреплены".