Новый метод раскрывает функции генов через структуру тканей червя
Международная команда учёных под руководством исследователей из Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего разработала новый метод определения функций ранее не охарактеризованных генов и их включения в интерактивные функциональные сети.
Исследование опубликовано 29 апреля в журнале Cell. Руководили работой Карен Огема, PhD, и Кристин К. Гансалус, PhD.
Несмотря на более чем десятилетние проекты по секвенированию геномов, функции многих генов остаются неизвестными, что мешает полной расшифровке клеточных путей.
Модельный организм и новый подход
- В качестве модели использовался нематодный червь Caenorhabditis elegans.
- Вместо мониторинга отдельных клеток («высокоинформативный скрининг») учёные наблюдали за эффектом ингибирования генов на структуру сложной ткани в многоклеточном организме — репродуктивного органа C. elegans.
Ключевые результаты
- Ингибирование разных генов приводило к разнообразному и информативному спектру изменений в структуре ткани, создавая уникальный «отпечаток пальца» для каждого гена, позволяющий предсказать его функцию.
- Был разработан новый метод для количественной оценки значимости связей «ген-ген», что позволило преобразовать информацию в функциональную генную сеть.
- В сотрудничестве с командой Гансалус, разработавшей Java-инструмент для визуализации, была создана интегрированная функциональная сеть для набора из 818 важных генов C. elegans, доступная для исследователей.
Значение
- Сеть будет полезна для предсказания функций родственных человеческих генов.
- Сам подход может быть применён для создания функциональных генетических сетей у других организмов, включая позвоночных.