Крупномасштабное секвенирование: будущее геномных наук?

Координированные усилия по секвенированию геномов не отдельных микроорганизмов, а целых экосистем могут дать учёным новые способы применения микроорганизмов в медицине и промышленности. К такому выводу пришли авторы отчёта Американской академии микробиологии.

Отчёт «Large-Scale Sequencing: The Future of Genomic Sciences?» основан на коллоквиуме, проведённом Академией в сентябре 2008 года. В нём изложены рекомендации для крупномасштабных проектов по секвенированию культивируемых изолятов и отдельных клеток, а также подход на уровне сообществ для характеристики набора определённых экосистем разной сложности.

До недавнего времени секвенирование полных микробных геномов было трудоёмким и дорогим, а решение о нём принималось отдельными исследователями или финансирующими агентствами. Такой ad hoc подход привёл к несбалансированному и сильно смещённому охвату микробного разнообразия. Новые технологии сделали секвенирование доступным даже для небольших лабораторий, что открывает возможность секвенировать геномы значительной части микробной жизни.

Систематические геномные усилия, подобные описанным в отчёте, могут значительно расширить наше понимание биологического разнообразия и оказать серьёзное влияние на науку.

Ключевая рекомендация: пятикомпонентная координированная инициатива по всестороннему описанию шести различных микробных экосистем с целью характеристики всего генного разнообразия. Секвенирование должно дополняться другими экспериментальными данными, особенно транскриптомными и метаболомными, причём сбор и курирование данных должны быть непрерывными.

«Систематические геномные усилия... значительно расширят наше представление о биологическом разнообразии и окажут серьёзное влияние на науку», — говорит Маргарет Райли, председатель коллоквиума.