Первая в мире расшифровка генома австралийской тигровой креветки
Исследователи из Университета Джеймса Кука приняли участие в первом успешном проекте по расшифровке генома культового австралийского морепродукта — австралийской черной тигровой креветки (Penaeus monodon). Это достижение может привести к созданию более крупных и устойчивых к болезням линий для аквакультуры.
Профессор аквакультуры Дин Джерри сообщил, что исследование проводилось в рамках ARC Industrial Transformation Research Hub for Advanced Breeding — коллаборации между JCU, Australian Genome Research Facility (AGRF), Университетом Сиднея, CSIRO и Seafarms Group. Целью партнерства было повышение продуктивности и эффективности выращивания креветок с помощью методов генетической селекции.
«Геном содержит "чертеж", определяющий строение и поведение креветки. Эта информация важна для селекционной работы, аналогичной той, что ведется тысячелетиями с домашним скотом и сельскохозяйственными культурами», — пояснил профессор Джерри.
Он отметил, что креветка — крошечное животное, но её геном почти такой же большой, как человеческий, и имеет гораздо более сложную структуру.
Менеджер по биоинформатике AGRF доктор Кеннет Чан описал процесс сборки генома как невероятно сложный: «Представьте, что вы собираете пазл из 1,9 миллиарда двусторонних фрагментов без рамки, с длинными повторяющимися перекрывающимися участками, миллионами потерянных фрагментов, без картинки на коробке и, возможно, с фрагментами от другой головоломки».
Ученые также обнаружили необычный механизм борьбы тигровой креветки с вирусными инфекциями. Старший научный сотрудник CSIRO доктор Ник Уэйд объяснил, что эндогенные вирусные элементы (EVE) в геноме, помогающие противостоять вирусам, у австралийской тигровой креветки уникальны.
«Ни один EVE, найденный у других животных, не похож на этот. Это открытие позволяет глубже изучить, как креветки справляются с вирусными инфекциями, и, возможно, разработать новые методы повышения их устойчивости к вирусным заболеваниям», — сказал доктор Уэйд.
Профессор Джерри подчеркнул, что расшифровка генома открывает возможности в целом ряде смежных областей: «Это радикально меняет ландшафт исследований, позволяя проводить множество функциональных биологических исследований — от поиска конкретных генов для улучшения селекции до прецизионного геномного редактирования».